Terdapat sejumlah tantangan yang dihadapi koperasi antara lain;
Pertama, akses terhadap informasi pasar dan teknologi masih relatif rendah khususnya dalam penerapan sistem administrasi dan keuangan yang masih tertinggaljauh sehingga sulit bersaing dengan pengusaha lainnya. Kedua, akses terhadap sumber permodalan masih rendah. Berdasarkan pada pengamatan dan penelitian pada kenyataannya beberapa koperasi masih lebih mengandalakan modal sendiiri. Mereka cukup puas dengan modal yang dihimpun sendiri, meskipun sebenarnya memerlukan tambahan modal dari pihak luar.
Ketiga, kapasitas sumberdaya manusia (SDM) masih rendah. Faktor budaya menjadi salah satu penyebab rendahnya tingkat pendidikan formal, masyarakat juga tidak diberi kesempatan untuk terlalu banyak aktif dalam berorganisasi. Hal itu menyebabkan mereka menjadi tenaga paruh waktu dalam berkoperasi. Dengan terbatasnya kapasitas SDM akan berpengaruh pula dalam akses informasi pasar dan teknologi. Ini bisa mengakibatkan koperasi relatif kalah bersaing dengan pelaku usaha yang lain.
Keempat, keberadaan koperasi belum cukup dikenal apalagi mengakar di kalangan masyarakat. Berdasarkan pengamatan terhadap beberapa kelompok masyarakat, ternyata sebagian besar dari warga tidak mengetahui akan keberadaan peran koperasi sebagai organisasi ekonomi yang dapat memberikan bantuan dalam berbagai aspek perekonomian.
Kelima, pemerintah dan stakeholders perlu memberikan prioritas dukungan pelatihan manajemen khususnya bagi koperasi dengan volume usaha dan sisa hasil usaha (SHU), terutama degan kondisi kawasan yang memiliki potensi sumberdaya dan pengembangan bisnis koperasi.
